提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
山东省第十三届人大一次会议以来 218件代表议案获有效处理******
中新网济南1月12日电(吕妍)山东省第十四届人民代表大会一次会议新闻发布会12日在济南召开。记者现场获悉,山东省第十三届人民代表大会第一次会议以来,该省人大代表围绕全省各方面工作提出议案218件、建议4756件,总量大幅增长,分别是上一届的4倍和2倍,代表们提出的218件议案均得到有效处理。
山东省第十四届人大一次会议议案组组长、省人大常委会人事代表工作委员会主任牛保平表示,从代表议案处理情况看,山东省人大常委会及各有关专门委员会将代表议案处理纳入重要议事议程,与立法、监督、调研等工作紧密结合、同步推进,代表们提出的218件议案均得到有效处理。
牛保平称,218件议案中的72件议案涉及40个立法项目,已经审议通过,比如常委会制定的优化营商环境、人才发展促进、红色文化保护传承、公共法律服务等地方性法规,大量采纳和吸收了代表所提议案中的合理化建议。27件议案涉及的监督项目也通过执法检查、专题询问、专题调研等形式,积极予以推进落实,并邀请提出议案的代表广泛参与有关活动,努力做到民有所呼、我有所应。
牛保平说,从代表建议办理情况看,代表所提问题当年内得到解决的达到40%。“代表建议的高质量办理,得益于山东省人大常委会及‘一府一委两院’做了大量卓有成效的工作。”
牛保平介绍,山东省人大常委会每年听取审议代表建议办理情况报告,常委会重点督办的200余件代表建议办结率、沟通率、满意度均达到100%。“一府一委两院”每年召开专题会议,安排部署办理工作,在更高层次上推动代表建议落实落地。
此外,在依托代表建议信息化办理平台强化日常调度督促的同时,山东省人大常委会探索建立了常委会领导重点督办、专门委员会归口督办、省委省政府督查办协同督办、代表工作部门常态督办、人大代表参与督办、承办单位内部督办的“大督办”工作机制,以多层次、全过程的督办体系,打通代表建议落实“最后一公里”。
山东省十四届人大一次会议副秘书长、省人大常委会副秘书长、办公厅主任刘治敏在发布会上介绍说,山东省第十四届人民代表大会第一次会议将于1月13日上午在济南开幕,1月18日上午闭幕,会期5天半。会议共有15项议程,涉及听取和审议山东省人民政府工作报告,听取和审议山东省人民代表大会常务委员会工作报告,听取和审议山东省高级人民法院工作报告,听取和审议山东省人民检察院工作报告等内容。(完)